El “Instituto de Investigación Cooperativo de Café y Cacao – INCAFÉ”,  promueve y realiza trabajos de investigación, basados en métodos científicos y tecnológicos principalmente para la cadena productiva del café y cacao de acuerdo a la dinámica de las necesidades, mediante la difusión y transferencia de tecnología resultante de las innovaciones, asi como incrementar el papel en la investigación, cooperación y desarrollo a nivel nacional e internacional.

• Misión:  Generar conocimientos a través del desarrollo de proyectos de investigación científica con innovación tecnológica de alto impacto económico, social y ambiental en la Universidad Nacional de Jaén y el país, cuyos resultados permitan solucionar problemas y mejorar la calidad de vida de los peruanos.
• Visión del INCAFÉ es ser un instrumento en el desarrollo de proyectos de investigación, Fortalecimiento de las Capacidades en formulacion y Gestión de Proyectos en I+D+i+E, innovación y desarrollo tecnológico, con una agenda de cooperación regional, nacional e internacional de intercambio tecnológico fortalecida y diversificada, para contribuir al desarrollo sostenible y sustentable de la Universidad y el Perú.